Es considerado el organizador del Virreinato del Perú. Entre sus principales acciones de gobierno destacaremos:
- Estableció el tributo indígena monetarizado
- Reglamentó el trabajo indígena, prohibiendo el servicio personal y organizando la mita asalariada y el yanaconaje.
- Creó las reducciones de pueblos indios
- Organizó la Real Hacienda
- Liquidó la Resistencia de Vilcabamba ejecutando a Tupac Amaru I
- Trajo la Santa Inquisición al Perú.
